Lord El-Melloi II Sei no Jikenbo: Rail Zeppelin Grace Note masih ingat dengan Waver Velvet? Salah satu master yang mengikuti perang cawan ke 4 di anime Fate Zero. Dia sekarang sudah dewasa, tepat nya beberapa tahun setelah kejadian mengerikan di Kota Fuyuki. Waver Velvet adalah salah satu orang yang selamat dari kejadian mengerikan tersebut. Dan kini kehidupan nya kembali normal seperti sebelum nya, dirinya yang telah lulus dari sekolah sihir dan memulai melakukan penggalian tentang sejarah.

Cerita nya akan berpusat pada dia atau sekarang kita panggil dia Lord El-Melloi II, diminta untuk mengklaim warisannya atas Adra Castle. Dia melakukan perjalanan bersama muridnya yang bernama Gray. Tapi, bukan hanya mereka yang dipanggil. Atas keinginan pemilik sebelumnya, seluruh kontestan yang berkumpul, termasuk Luviagelita Edelfelt, harus bersaing dalam permainan kecerdasan untuk memenangkan kastil.